Chaque village possède son propre Ninjutsu secret, que les meilleurs peuvent apprendre. Leurs secrets sont sévèrement gardés. Voici un tableau des Ninjustus en fonction des villages.
Konoha : Mokuton ( l'art de manipuler les arbres )
Suna : Kinton ( l'art de manipuler le métal )
Kiri : Hyouton ( l'art de manipuler la glace )
Iwa : Tengaton ( l'art de manipuler la géologie )
Kumo : Raikouton ( l'art de manipulé les quatre éléments )
Oto : Kinjuton ( l'art de manipuler les âmes défunte )
Kusa : Moryouton ( l'art de manipulé les plantes )
Ame: Yryuton ( l'art de manipuler les pluies )
Taki : Hyougaton ( l'art de manipulé l'eau des héros )
En ce qui concerne l'Akatsuki il possède les ninjutsu de leur village respectif.
Vous pourrez apprendre ces jutsus dans vos villages respectifs, sous la direction de votre des Kage. A noter que les Kages possèdent dès le début la totalité de ces jutsus.